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劇的な有効性が注目される反面、バイアグラの副作用を危惧する声が多いのも事実です。 許可後の１９９９年８月には、厚生省（当時）がバイアグラを飲んで心筋梗塞などの副作用を表した３３人（うちふたりが死亡）の症例を発表し、大々的に国民に注意を促しました。 しかし、一般的にいえることは、正しい飲み方を守っていれば深刻な副作用はありません。 死亡例に関しては、ほぼすべて医師の処方を受けていない場合です。